كشف المجمع الصوفي، عن ملاحظة جوهرية وتحفظات أبداها على بعض مواد مسودة الوثيقة الدستورية الانتقالية، خاصة فيما يتعلق بهوية البلاد وثوابت الأمة ومصادر التشريع، ودعا للأخذ في الاعتبار وسطية واعتدال السودان في معتقده وضوابط فقهه.
ودعا بيان المجمع، لقومية ومهنية قوات الشعب المسلحة في الجيش الواحد ومعالجة كل الاختلالات التي أدت إلى تعدد الجيوش وتناسل المليشيات المسلحة، ودعم وحدة وسلامة السودان شعباً وأرضاً، وأن مصالحه العليا تسود وتعلو على أي أولويات، ذلك أن الوطن يعلو ولا يُعلى عليه، وأن يكون الشعب مصدر السلطات، وسيادة حكم القانون، إضافة إلى أن تكون السلطة المدنية الكاملة دون تغول يفضي إلى تدخل العساكر في أي مرحلة من مراحلها.
وطالب البيان، بتحقيق العدالة الانتقالية والإسراع في تكوين آلياتها وإشراك كل أصحاب الشأن من أولياء الدم وأهل الاختصاص إحقاقاً للحق وإزالةً للغبن وإبقاءً للحياة، داعياً لإعمال حوار وطني جاد يشمل الأطراف غير الموقعة على الاتفاق كافة لأخذ ملاحظاتهم وتحفظاتهم بعين الاعتبار بغية التحاقهم بالاتفاق من أجل بناء الوطن لا سيما لجان المقاومة وأسر الشهداء، لأن الحوار الوطني هو الطريق الأسلم للوصول إلى ما نصبو إليه بلا تخوين ولا فجور في الخصومة، ونحن على استعداد تام لبذل الجهود كافة لتقريب وجهات النظر بين كل المكونات.
ودعا المجمع للإسراع بتشكيل الحكومة الانتقالية بمشاركة واسعة من كل الأطراف من القوى المؤمنة بالثورة انطلاقاً من مبدأ الكفاءة لا المحاصصة لمعالجة القضايا العالقة.